Les Instruments Mortels, sont, selon la légende, les trois objets que l’Ange Raziel aurait remis à Jonathan Shadowhunter lors de la création des Nephilims. Depuis toujours vénérés par ceux-ci comme des objets de pouvoir et de valeur inestimables, ils ont chacun leur usage et leurs caractéristiques particulières.

La Coupe Mortelle est le premier des Instruments. Elle se présente sous la forme d’un calice transparent aux armatures faites d’adamiens et d’or, sans d’autres décorations notables. Elle a à peu près la taille d’une coupe de vin ordinaire, bien qu’elles soit légèrement plus lourde, du fait du métal utilisé. On dit qu’elle contient un mélange du sang de Raziel et de Jonathan. Bien que dans la période de « chasses aux sorciers », elle ait été utilisée comme moyen de torture pour les Créatures Obscures (l’ingestion du contenu de la Coupe provoquant chez eux de violents vomissements et la mort à haute dose), son seul usage officiel est de créer de nouveaux Chasseurs d’Ombres: en effet, chaque personne buvant de ce calice et déclarée assez forte et digne moralement pour en soutenir l’effet divin devient un Nephilim (les chances de réussites sont nettement plus élevées pour les enfants que pour les adultes, même soigneusement préparés), et il en sera de même pour ses futurs enfants et petits-enfants. La Coupe est donc utilisée dans les rituels d’Ascension, créant ainsi les nouvelles familles de Chasseurs. Cependant, ces dernières années, son usage a beaucoup réduit, le nombre de membres de l’Enclave étant estimé suffisant pour justifier la non-création de nouveaux membres de leur espèce. De nos jours, la Coupe est conservée précieusement dans une des salles de la Garde, hors de vue des simples visiteurs et même des hauts placés dans le Conseil.

L’Epée Mortelle est le second des Instruments. Il s’agit d’une longue lame argentée, à double-tranchant selon l’esthétique moyenâgeuse, et avec une poignée évoquant deux ailes déployées, accentuant le côté angélique de l’objet. Elle est conservée au sein de la Cité Silencieuse, dans la salle des Etoiles Parlantes, où les Frères organisent le plus souvent leurs cérémonies, tels que les baptêmes, les mariages et les unions de parabatais. C’est une garantie de vérité: en effet, nul Nephilim ne peut mentir en tenant l’Epée. Tout Chasseur d’Ombres voulant prouver qu’il dit la vérité peut tout simplement demander un « jugement par l’Epée ». Cependant, c’est une expérience extrêmement douloureuse, à la fois mentalement, puisque la lame fouille le cerveau pour garantir un témoignage entièrement vrai, et physiquement - il paraîtrait que l’Epée chauffe lorsqu’elle est utilisée dans de pareilles circonstances. Le jugé ne peut cependant pas lâcher l’épée avant que le juge dirigeant la cour de justice ne l’autorise. Enfin, l’objet n’a aucun effet sur les Créatures Obscures.

Il existe un usage beaucoup plus méconnu de l’Epée, qui n’a été observé qu’une fois dans l’histoire, il y a des siècles. En effet, il existe un rituel dit de « conversion infernale »: si la lame est chauffée à blanc, ce qui est difficile avec l’adamas qui la forme, puis refroidie quatre fois successivement dans le sang d’un enfant loup-garou, un enfant faerie, un jeune vampire et un jeune sorcier, la lame angélique devient infernale et permet à son porteur de convoquer des démons sans perdre d’années de sa vie, voire d’ouvrir, en cas de grand pouvoir, un portail vers les dimensions démoniaques.

Le Miroir Mortel est le dernier et le plus mystérieux des Instruments, et pour cause, personne ne sait exactement ce dont il s’agit ou son usage. La vérité est, il s’agit du lac Lyn, à Idris, par lequel Raziel est entré dans notre monde, et qui sert également de portail d’urgence pour accéder au pays (et dont l’ingestion de l’eau est toxique aux Nephilims, causant des hallucinations et entraînant parfois la folie). Cependant, selon les Fées, boire l’eau du lac Lyn donne des visions du futur; ils l’appellent le Lac des Rêves ou le Miroir des Rêves. Jusqu’à aujourd’hui, la véritable nature du Miroir demeure inconnue à son propre peuple, les Chasseurs d’Ombres.